Villa Pehuenia es una localidad relativamente joven en términos de historia. Fue fundada el 3 de abril de 1983 y se estableció como municipio en 1986.
Su crecimiento se debe principalmente a la construcción de la Ruta Nacional 40, que conecta la región sur de Argentina.
Antes de su fundación, la zona donde se encuentra Villa Pehuenia era habitada por comunidades mapuches, quienes aprovechaban los recursos naturales de la región, como el pehuén o araucaria, de donde deriva el nombre de la localidad.
La araucaria es un árbol sagrado para los mapuches y su presencia abundante en el área fue uno de los factores que impulsó el desarrollo de Villa Pehuenia.
En sus primeros años, Villa Pehuenia fue principalmente un destino turístico de verano, gracias a sus hermosos lagos y ríos, ideales para la práctica de deportes acuáticos y la pesca. Sin embargo, con el tiempo, se ha convertido en un atractivo turístico durante todo el año, especialmente en invierno, cuando los visitantes pueden disfrutar de actividades de nieve en los cercanos centros de esquí.
La localidad ha experimentado un crecimiento constante en los últimos años, con la construcción de infraestructuras turísticas y servicios para recibir a los visitantes.
Actualmente, Villa Pehuenia es reconocida como un destino turístico único en la región, donde los turistas pueden disfrutar de la belleza natural de los lagos, bosques y montañas, así como de la cultura y tradiciones de la comunidad mapuche.