Su historia se remonta a la época prehispánica, cuando los indígenas habitaban la región.
Durante la colonización española, fue utilizada como lugar de detención y castigo para los prisioneros políticos. En el siglo XIX, la isla fue utilizada como base militar y, más tarde, como colonia penal. Durante el siglo XX, la isla se convirtió en un importante centro de investigación científica, en particular para el estudio de la fiebre amarilla.
Hoy en día, la isla es un sitio turístico popular, con una rica historia que se puede explorar en sus numerosos monumentos y museos.