Su fundación se remonta al año 1886, cuando un grupo de colonos suizos llegó a la zona y estableció la Colonia Suiza, con el objetivo de dedicarse a la agricultura y ganadería.
La mayoría de los colonos eran de habla alemana, por lo que inicialmente la localidad se llamó "Villa Alemana". Sin embargo, en 1912 se decidió cambiar su nombre a "Helvecia", en honor a Suiza y su gente.
Durante su historia, Helvecia ha sufrido varias inundaciones debido a su ubicación cercana al río Coronda. En 1983, una gran inundación afectó gravemente a la localidad y obligó a gran parte de su población a trasladarse a una zona más elevada, donde se encuentra actualmente la ciudad.
Desde entonces, se han tomado medidas para prevenir inundaciones y proteger a la población.
Hoy en día, Helvecia es una localidad tranquila y pintoresca, con un fuerte vínculo con la cultura suiza y alemana, lo que se refleja en su arquitectura y en la celebración de festividades como la Fiesta Nacional de la Cerveza, que atrae a turistas de todo el país.