La historia de Aguas Verdes se remonta a principios del siglo XX, cuando la zona era conocida como "La Gran Dunas". En la década de 1930, comenzaron a instalarse algunas familias para dedicarse a la pesca y la extracción de madera.
Con el tiempo, la zona se fue poblando cada vez más, y en la década de 1960 se construyó la primera casa de veraneo. A partir de entonces, la localidad comenzó a desarrollarse como destino turístico, gracias a sus amplias playas y su ambiente tranquilo y familiar.
En la década de 1980 se inauguró la Reserva Natural de Aguas Verdes, convirtiéndose en un atractivo más para los visitantes. En las últimas décadas, la localidad ha experimentado un importante crecimiento urbanístico, con la construcción de nuevos complejos de departamentos y la mejora de la infraestructura turística.
Hoy en día, Aguas Verdes es un destino turístico muy popular en la costa atlántica de Buenos Aires, que combina su belleza natural con una amplia oferta de alojamiento y actividades para toda la familia.