Se encuentra a unos 200 kilómetros al norte de la ciudad capital, Santa Fe, y a 600 kilómetros al noroeste de la ciudad de Buenos Aires.
Para llegar a San Justo en auto, se puede tomar la Ruta Nacional 11 desde Santa Fe o Buenos Aires. Además, también se puede acceder por la Ruta Provincial 2 y la Ruta Provincial 3.
En cuanto a opciones de transporte público, la ciudad cuenta con una estación de tren en el centro y varias empresas de ómnibus que realizan viajes desde y hacia otras ciudades del país.